秋天是旗魚的量產期，主要撈捕區域為東部及南部海域，一般利用延繩釣或鏢槍法捕獲，新鮮魚體可做生魚片，亦可煎、煮、炸做成美食，魚肉還可加工製成罐頭或小吃，品嘗美味旗魚正是時候。
眼窩：週邊魚肉油脂較多，較順口且魚香味濃，適合入鍋煮湯或清蒸。
頭頂到鰓蓋的肉：又稱額頭肉，肉質紮實，適合調味料醃漬入味後燒烤或鹽酥。
下巴：魚肉較少，適合喜好啃吮口感者食用，料理可做炸物、清蒸或燒烤。
魚骨：熬高湯煮出鮮香味，或煮旗魚湯時入鍋添味。
魚腸：去膜汆燙去腥味後水煮煮熟，蘸醬油或調味料食用；清洗處理較麻煩，因此家庭主婦的選購率較低。
近背鰭的魚肉：是整條旗魚魚肉中品質最佳的部位，魚肉肉質鮮嫩且油花分布均勻，適合做生魚片。
魚腹肉：為家庭主婦最常選購入菜的部位，魚肉較軟且油花較多，適合燒烤、糖醋、蔥爆、油炸。旗魚肚有兩種，一為前述的魚腹肉，另一個指的則是旗魚胃，胃的口感相當有嚼勁，做為下酒菜相當合適。
魚尾：魚肉纖維較粗且肉質較硬，可入鍋滷入味或煮湯。
魚皮：選購時挑選略帶魚肉與油花的魚皮口感較佳，魚皮洗淨後汆燙去腥，煮熟後可做涼拌，或用醬油、味噌等調味料醃入味後拌炒或烤熟。
魚卵：需向魚販預約較有機會買到，電鍋蒸熟為方便簡易的料理法，通常做成冷盤料理。
旗魚魚肉可加工製成魚排、魚丸或魚鬆，在南部還有小吃業者發揮創意將旗魚魚漿做成黑輪。選購這類加工製品時，聞起來的味道為香味，吃起來的滋味鮮香可口，若有刺鼻的魚腥味或臭味，或吃來有苦味，則為不良品，應停止食用並退貨。
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